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学园都市的新学期第一天。 那是上条当麻的学校出现「神秘转学生」的日子， 是茵蒂克丝头一次交到「朋友」的日子， 是御坂美琴与茵蒂克丝首度面对面的日子， 是夹在她们之间的上条当麻依旧不幸的日子， 是旁观事情发展的白井黑子嫉妒上条的日子…… 然后，也是某个魔法师向学园都市袭击的日子！ 在特别警戒宣言下的学园都市， 当科学与魔法交会之际，上条当麻的故事就此展开！